Puerto Rico es la más pequeña del grupo de islas conocida como las Antillas Mayores, localizadas en el Océano Atlántico. Junto a las Antillas Menores, América del Sur y América Central, las Antillas Mayores rodean el Mar Caribe. Puerto Rico se encuentra alrededor de 1,000 millas (1,600 Km) al sureste de Miami, Florida y cerca de 500 millas (800 Km) al norte de Venezuela. La localización de Puerto Rico provee un clima tropical todo el año lo que también conlleva la visita de huracanes y tormentas tropicales con cierta regularidad provenientes mayormente de la región noroeste de Africa. Realmente consiste de varias islas e islotes. La principal es Puerto Rico, propiamente, la mayor con dimensiones aproximadas de 100 millas por 35 millas (160 Km por 60 Km). Las islas de Vieques y Culebra se encuentran a relativamente corta distancia al este de Puerto Rico. Vieques y Culebra son municipios de Puerto Rico. Estas tres islas son las únicas que son habitadas permanentemente. Otras islas importantes son Mona, a 72 Km al oeste de Puerto Rico, actualmente una importante reserva natural con flora y fauna de gran valor, Monito, a corta distancia de Mona y Desecheo, visible desde la costa oeste de Puerto Rico. El clima varía según la localización desde húmedo en la región noreste, donde se encuentra el bosque pluvial de El Yunque (único bosque tropical parte del Servicio Forestal de los Estados Unidos) hasta árido en la región suroeste donde se encuentra el Bosque Seco de Guánica. Esta situación es causada por la interacción entre la Cordillera Central que cruza la isla desde Yabucoa en el sureste hasta Mayagüez en el oeste y los vientos Alisios provenientes del Océano Atlántico.Puerto Rico es una isla montañosa. En el centro, la cordillera Central y la sierra de Cayey forman un eje de este a oeste que cruza casi toda la isla. Aunque las montañas y las colinas cercanas a ellas cubren la mayor parte del territorio, en el norte de la isla se extiende una llanura costera de unos 19 km de anchura y en el sur otra, algo más estrecha, de unos 13 km. La mayor parte de este sistema montañoso se halla más cerca de la costa meridional que de la septentrional y sus laderas son generalmente más escarpadas en su vertiente meridional. En el noreste del país se encuentra la sierra de Luquillo, sistema montañoso que comprende la región de pluvisilva más extensa de la isla. Sierra de Cayey: sierra puertorriqueña que forma parte de la cordillera Central del país. A mayor altura, en el borde montañoso, se cultiva café y se explotan los pastos. Cerro de Punta o Cerro de Jayuya: cumbre y máxima altitud de Puerto Rico (1.338 m), que junto a Rosa (1.267 m) y Guilarte (1.204 m), forman las mayores alturas de la cordillera Central, la cual ocupa la práctica totalidad de la isla. Se sitúa hacia el centro de la cordillera, cerca de la localidad de Jayuya. Este cerro, que se ha ido formando desde el cretácico, se inicia con aportes de rocas volcánicas, diversas fases de deposición de materiales sedimentarios, en general calizas, y diversas fases de plegamiento que acaban con levantamientos pliocenos. La erosión posterior hará honor al topónimo. La altitud, que refresca algo el clima tropical de la costa y la topografía mas accidentada, han preservado algunas formaciones de bosque tropical como el llamado bosque tropical del Caribe, con la caobilla como especie singular.
Está dividido administrativamente en setenta y ocho municipios; cada municipio elige un alcalde y una "Legislatura Municipal" por un término de cuatro años. Las ciudades principales son San Juan (capital), Guaynabo, Bayamón, Carolina, Caguas, Mayagüez, Ponce, Cataño, Trujillo Alto y Arecibo. Puerto Rico posee dos islas municipio, Vieques y Culebra que están localizadas al este de la isla grande.
Ríos importantes son: Grande de Arecibo, Grande de Añasco, Guajataca, Grande de Manatí, La Plata, Grande de Loíza y Culebrinas. Los barcos de gran calado no pueden navegar por ninguno de ellos. La red fluvial de Puerto Rico se compone de ríos, lagunas, lagos, manantiales, etc. Cuenta con varios ríos relativamente cortos; en algunos de ellos se han construido represas para obtener energía hidroeléctrica, creando pequeños embalses, entre los que destaca el del río Yauco. Al norte de la cordillera central hay mas ríos y son más largos y caudalosos, al sur ocurre todo lo contrario: menos ríos, más estrechos y menos caudalosos. Ellos tiene un significativo valor para el país porque son la principal fuente natural para la producción de energía eléctrica y también muy utilizada para el riego en la agricultura. De mas de 1200 corrientes de agua, solo unas 50 pueden clasificarse como ríos, los demás en realidad son quebrados o arroyuelos.
El sistema hidrografico puertorriqueño cuenta con una serie de lagos artificiales. Casi todos han sido creados mediante represas para utilizar las aguas. Entre los de mayor importancia estan Caonillas, Dos Bocas, Guajataca, Patillas, Guayabal y Carite. Apenas existen lagos naturales y los que existen son muy pequeños. Uno de los lagos naturales es el de Cidra y el Loiza. Generalmente cerca de las costas encontramos los pequeños depósitos de agua que denominamos lagunas. En el norte merecen mencion las lagunas de San Jose (entre San Juan y Carolina), Tortuguero (en Vega Baja), Piñones y Terrecilla (entre Loiza y Carolina), Los Corozos (entre San Juan y Carolina), Del Condado (en San Juan); en el oeste Cartagena y Joyuda (en Cabo Rojo) y en el este Aguas Prietas (en Fajardo). Existen tambien varios manantiales importantes de aguas termales como los Baños de Virella en Arroyo, los Baños de Quintanilla cerca de Ponce, pero los mas conocidos, de mas prestigio por sus aguas sulfurosas, son los Baños de Coamo. En la Reserva de Tortuguero se encuentra la laguna de agua dulce más grande de Puerto Rico. La laguna y los humedales que la bordean sirven de hábitat para varias especies de plantas carnívoras, caimanes y otras especies raras o endémicas de fauna y flora. Cuevas y manantiales son algunos de los atractivos de esta reserva natural localizada al norte de la isla de Puerto Rico.
En Puerto Rico crecen miles de variedades de plantas tropicales, como el capoc (Ceiba), la poinciana (Flamboyán), el árbol del pan y la palmera cocotera (Palmáceas). En la parte noreste de la isla, en la zona de bosque tropical o pluvisilva, proliferan los helechos, las orquídeas y los árboles de caoba, palo santo (Jacarandá), roble y quina, entre otros; una sección de esta zona pertenece a la Reserva forestal El Yunque. En la parte suroeste, zona mucho más árida, hay numerosos cactus y rastrojos. La mayor parte de los bosques se talaron durante la época colonial con el fin de crear espacios aptos para la agricultura, pero, a pesar de los esfuerzos realizados desde 1935 para repoblar la zona, la industria de explotación forestal sigue siendo poco relevante.
En Puerto Rico no hay grandes mamíferos. Abundan las iguanas, las serpientes, los pequeños lagartos y también los murciélagos. La isla cuenta con un animal que no se ha encontrado en ningún otro lugar del mundo: el coquí, una pequeña rana que emite por las noches un sonido claro y alto desde las ramas de los árboles. Entre los peces que habitan sus aguas costeras predominan barracudas, caballas, atunes, langostas y ostras. En sus costas recala también el manatí, mamífero marino que ha dado nombre a una localidad del norte de la isla. También son importantes las aves, como el ruiseñor, los canarios y la rara cotorra de Puerto Rico. Gracias a que la isla de Mona se encuentra a 72 Km al oeste de la isla y que la travesía por el canal de la Mona es peligrosa, la intervención del hombre ha sido mínima. Esta condición propicia la conservación de fauna endémica. Una de estas especies que habita en abundancia es el cangrejo ermitaño. Pasada la luna nueva de agosto, miles de cangrejos ermitaños, comienzan su lento descenso de la meseta de la isla hacia la arenosa playa de Sardinera para desovar.La isla de Culebra, situada al este, está rodeada de dieciseis islotes que proveen un hábitat ideal para el anidaje de 13 especies de aves marinas. El Refugio de Vida Silvestre de Culebra sirve de hábitat para una cuantiosa colonia de gaviotas oscuras que anidan anualmente en una península de la isla.
